Offline Explorer Pro

Почему некоторые символы в названиях файлов изменены - ?, _40 и так далее?

Это происходит потому, что Offline Explorer Pro должен переименовывать некоторые символы, для того, чтобы URL были совместимы с файловой системой. С другой стороны, для переименованных URL должна поддерживаться возможность возврата их к онлайн-виду.

Например, символ ? который часто имеется в URL должен быть заменен некоторым другим символом (@). В противном случае имя файла с символом ? не может быть создано в Windows. Последовательность символов _40 должна быть заменена на _5F40, потому что Offline Explorer Pro возвращает _40 в символ @ в онлайн-URL.

В любом случае все ссылки в загруженных файлах корректно преобразованы для соответствия изменённым именам файлов, так что у Вас не должно быть никаких проблем при автономном просмотре сайта.